Fisk Lab 的基于荧光的有义密码子重新分配屏幕。我们的筛选评估了反密码子修饰的 tRNA 结合酪氨酸 (Tyr) 以响应在标准大肠杆菌遗传密码中分配了另一个身份的有义密码子的能力。超级文件夹 GFP 的残基 65-67 指定了自动化折叠成三肽荧光团的 Thr-Tyr-Gly 序列。用任何其他天然氨基酸替换第 66 位的 Tyr 可有效消除蛋白质的荧光。(生物化学, 2015, 54 (50), pp 7355–7364)
我们的研究重点是膜蛋白的结构表征和从头蛋白质设计，以了解与人类疾病相关的生物过程并开发新的治疗方法。 蛋白质设计：我们使用从头蛋白质设计来测试我们的知识是否已经足够先进，可以根据第一原理生成结构和功能。我们的实验室还使用这种方法将所需的功能整合到生物系统中。 整合素抑制剂：我们研究整合素中信号转导和构象变化的机制，并设计了特定整合素的新型小分子抑制剂，用作组织纤维化和其他疾病的治疗剂。 流感：我们研究甲型流感的基质 2 蛋白 (M2)，它是在流感病毒包膜中发现的药物靶标。 阿尔茨海默病：我们对结构表征和破坏与阿尔茨海默病相关的 Aβ 积累感兴趣。 细菌感知：我们对细菌感知环境和适应不同环境压力的机制感兴趣。 计算工具：我们采用了一种受自然启发的蛋白质设计方法。
CCMS 开创的光谱网络范式在三个基本方面不同于解释串联质谱的主流范式。首先，光谱网络基于将光谱与其他光谱而不是与蛋白质序列进行匹配。其次，光谱网络甚至在考虑可能的识别之前就从相关肽（例如，修饰/未修饰或重叠序列变体）中找到光谱。第三，光谱网络确定来自相关肽的光谱组的一致识别，而不是单独尝试一次识别每个光谱。
渗透性分析开发 大多数膜通透性测定是在基于细胞的系统（如 CACO-2）或非膜无细胞系统（如 PAMPA）中进行的。我们正在开发一种基于脂质体的渗透性系统，旨在反映生理上准确的磷脂双层中的被动渗透性。 固相合成方法 我们正在开发构建环状肽的新方法，其灵感来自于天然产物，例如环孢菌素 A、destruxins 和 aureobasidin E。这些环状肽中的许多都包含主链修饰，例如 N-甲基化和内酯 (depsi) 键，用于增加它们的结构多样性并增强膜通透性和代谢稳定性。我们对新的合成方法感兴趣，这些方法有助于合成含有这些非蛋白氨基酸和连接的环状肽的天然产物样文库。 环肽文库 我们正在使用面向多样性的合成技术来生成受天然产物启发的大型环状肽库。我们正在使用从模型系统研究中学到的原则，使图书馆成员偏向于膜通透性和代谢稳定性。 抑制蛋白质-蛋白质相互作用
