网址：http://proteomics.ucsd.edu/research-areas/spectral-networks/
CCMS 开创的光谱网络范式在三个基本方面不同于解释串联质谱的主流范式。首先，光谱网络基于将光谱与其他光谱而不是与蛋白质序列进行匹配。其次，光谱网络甚至在考虑可能的识别之前就从相关肽（例如，修饰/未修饰或重叠序列变体）中找到光谱。第三，光谱网络确定来自相关肽的光谱组的一致识别，而不是单独尝试一次识别每个光谱。
未知蛋白质的全长从头测序仍然是一个具有挑战性的开放性问题。单独对光谱进行测序的传统方法受到肽长度短、肽片段不完整和从头解释模棱两可的限制。我们通过确定来自重叠肽的组装串联质谱 (MS/MS) 光谱的共有序列来解决这些问题（例如，通过使用多种酶消化）。我们将电子转移解离 (ETD) 与碰撞诱导解离 (CID) 和高能碰撞诱导解离 (HCD) 碎裂方法相结合，以促进对长高电荷肽的解释，并利用确证的 b/y/c /z 离子在 CID/HCD/ETD。使用这些策略，
