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N端氨基：N-terminal amino group。在肽或多肽链中含有游离a-氨基的氨基酸一端。在表示氨基酸序列时，通常将N端放在肽链的左边。

丙氨酸：alanine。L-丙氨酸的系统命名为(2S)-氨基丙酸，是编码氨基酸，也叫L-α-丙氨酸。符号：A，Ala。D-丙氨酸存在于多种细菌细胞壁的糖肽中。β-丙氨酸是维生素泛酸和辅酶A的组分。

L-苯丙氨酸：phenylalanine。系统命名为(2S)-氨基-3-苯基丙酸。是编码氨基酸。是哺乳动物的必需氨基酸。符号：F，Phe。

L-精氨酸：arginine。系统命名为(2S)-氨基-5-胍基戊酸。在生理条件下带正电荷，为编码氨基酸。是幼小哺乳动物的必需氨基酸。符号：R，Arg。

羟脯氨酸：hydroxyproline。系统命名为 3-羟基脯氨酸（3Hyp）或 4-羟基脯氨酸（4Hyp）。是从脯氨酸衍生而来的一种亚氨基酸。胶原中约 50%的脯氨酸被羟基化成为4Hyp和少量 3Hyp。Hyp也存在于弹性蛋白、牙齿珐琅和伸展蛋白中。符号：HyPro，HyP。反式-4-羟基-L-脯氨酸（Hyp）是脯氨酸的一种羟基化变体。虽然Hyp不是天然编码的，但它存在于多种哺乳动物蛋白质（如胶原蛋白、弹性蛋白和argonaute 2）以及植物蛋白质（如植物细胞壁中的糖蛋白（HRGPs））中。

L-苏氨酸：threonine。系统命名为(2S)-氨基-(3R)-羟基丁酸。有两个手性中心，是编码氨基酸。是哺乳动物的必需氨基酸。符号：T，Thr。

L-组氨酸：histidine。系统命名为(2S)-氨基-3-(4-咪唑基)丙酸。其侧链带有弱碱性的咪唑基，为编码氨基酸。是幼小哺乳动物的必需氨基酸。符号：H，His。

L-谷氨酰胺：glutamine。系统命名为(2S)-氨基-4-氨酰基丁酸，是编码氨基酸。符号：GIn，Q。

甘氨酸：glycine。系统命名为 2-氨基乙酸。是编码氨基酸中没有旋光性的最简单的氨基酸，因具有甜味而得名。符号：G，Gly。

羟脯氨酸：hydroxyproline。系统命名为 3-羟基脯氨酸（3Hyp）或 4-羟基脯氨酸（4Hyp）。是从脯氨酸衍生而来的一种亚氨基酸。胶原中约 50%的脯氨酸被羟基化成为4Hyp和少量 3Hyp。Hyp也存在于弹性蛋白、牙齿珐琅和伸展蛋白中。符号：HyPro，HyP。反式-4-羟基-L-脯氨酸（Hyp）是脯氨酸的一种羟基化变体。虽然Hyp不是天然编码的，但它存在于多种哺乳动物蛋白质（如胶原蛋白、弹性蛋白和argonaute 2）以及植物蛋白质（如植物细胞壁中的糖蛋白（HRGPs））中。

L-丝氨酸：serine。系统命名为(2S)-氨基-3-羟基丙酸。是编码氨基酸。因可从蚕丝中获得而得名。符号：S，Ser。在丝原蛋白及某些抗菌素中含有 D-丝氨酸。

羟脯氨酸：hydroxyproline。系统命名为 3-羟基脯氨酸（3Hyp）或 4-羟基脯氨酸（4Hyp）。是从脯氨酸衍生而来的一种亚氨基酸。胶原中约 50%的脯氨酸被羟基化成为4Hyp和少量 3Hyp。Hyp也存在于弹性蛋白、牙齿珐琅和伸展蛋白中。符号：HyPro，HyP。反式-4-羟基-L-脯氨酸（Hyp）是脯氨酸的一种羟基化变体。虽然Hyp不是天然编码的，但它存在于多种哺乳动物蛋白质（如胶原蛋白、弹性蛋白和argonaute 2）以及植物蛋白质（如植物细胞壁中的糖蛋白（HRGPs））中。

甘氨酸：glycine。系统命名为 2-氨基乙酸。是编码氨基酸中没有旋光性的最简单的氨基酸，因具有甜味而得名。符号：G，Gly。

L-异亮氨酸：isoleucine。系统命名为(2S)-氨基-(3R)-甲基戊酸。是编码氨基酸。有两个手性碳原子，是哺乳动物的必需氨基酸。符号:I，Ile。

甘氨酸：glycine。系统命名为 2-氨基乙酸。是编码氨基酸中没有旋光性的最简单的氨基酸，因具有甜味而得名。符号：G，Gly。

L-组氨酸：histidine。系统命名为(2S)-氨基-3-(4-咪唑基)丙酸。其侧链带有弱碱性的咪唑基，为编码氨基酸。是幼小哺乳动物的必需氨基酸。符号：H，His。

C端羧基：C-terminal carboxyl group。在肽或多肽链中含有游离羧基的氨基酸一端。在表示氨基酸序列时，通常将C端放在肽链的右边。