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N端氨基：N-terminal amino group。在肽或多肽链中含有游离a-氨基的氨基酸一端。在表示氨基酸序列时，通常将N端放在肽链的左边。

L-天冬氨酸：aspartic acid。系统命名为(2S)-氨基-丁二酸。是编码氨基酸，又是神经递质。符号：D，Asp。D-天冬氨酸存在于多种细菌的细胞壁和短杆菌肽A中。

L-缬氨酸：valine。系统命名为(2S)-氨基-3-甲基丁酸。是编码氨基酸。是哺乳动物的必需氨基酸。符号：V，Val。在某些放线菌素如缬霉素中存在 D-缬氨酸。

L-精氨酸：arginine。系统命名为(2S)-氨基-5-胍基戊酸。在生理条件下带正电荷，为编码氨基酸。是幼小哺乳动物的必需氨基酸。符号：R，Arg。

羟脯氨酸：hydroxyproline。系统命名为 3-羟基脯氨酸（3Hyp）或 4-羟基脯氨酸（4Hyp）。是从脯氨酸衍生而来的一种亚氨基酸。胶原中约 50%的脯氨酸被羟基化成为4Hyp和少量 3Hyp。Hyp也存在于弹性蛋白、牙齿珐琅和伸展蛋白中。符号：HyPro，HyP。反式-4-羟基-L-脯氨酸（Hyp）是脯氨酸的一种羟基化变体。虽然Hyp不是天然编码的，但它存在于多种哺乳动物蛋白质（如胶原蛋白、弹性蛋白和argonaute 2）以及植物蛋白质（如植物细胞壁中的糖蛋白（HRGPs））中。

L-苏氨酸：threonine。系统命名为(2S)-氨基-(3R)-羟基丁酸。有两个手性中心，是编码氨基酸。是哺乳动物的必需氨基酸。符号：T，Thr。

天冬酰胺：asparagine。L-天冬酰胺的系统命名为(2S)-氨基-3-氨酰基丙酸，是编码氨基酸。符号：N，Asn。D-天冬酰胺存在于短杆菌肽A分子中。

L-脯氨酸：proline。系统命名为吡咯烷-(2S)-羧酸。为亚氨基酸。是编码氨基酸。在肽链中有特殊作用，如易形成顺式的肽键等。符号：P，Pro。

L-丝氨酸：serine。系统命名为(2S)-氨基-3-羟基丙酸。是编码氨基酸。因可从蚕丝中获得而得名。符号：S，Ser。在丝原蛋白及某些抗菌素中含有 D-丝氨酸。

L-组氨酸：histidine。系统命名为(2S)-氨基-3-(4-咪唑基)丙酸。其侧链带有弱碱性的咪唑基，为编码氨基酸。是幼小哺乳动物的必需氨基酸。符号：H，His。

L-丝氨酸：serine。系统命名为(2S)-氨基-3-羟基丙酸。是编码氨基酸。因可从蚕丝中获得而得名。符号：S，Ser。在丝原蛋白及某些抗菌素中含有 D-丝氨酸。

羟脯氨酸：hydroxyproline。系统命名为 3-羟基脯氨酸（3Hyp）或 4-羟基脯氨酸（4Hyp）。是从脯氨酸衍生而来的一种亚氨基酸。胶原中约 50%的脯氨酸被羟基化成为4Hyp和少量 3Hyp。Hyp也存在于弹性蛋白、牙齿珐琅和伸展蛋白中。符号：HyPro，HyP。反式-4-羟基-L-脯氨酸（Hyp）是脯氨酸的一种羟基化变体。虽然Hyp不是天然编码的，但它存在于多种哺乳动物蛋白质（如胶原蛋白、弹性蛋白和argonaute 2）以及植物蛋白质（如植物细胞壁中的糖蛋白（HRGPs））中。

甘氨酸：glycine。系统命名为 2-氨基乙酸。是编码氨基酸中没有旋光性的最简单的氨基酸，因具有甜味而得名。符号：G，Gly。

L-异亮氨酸：isoleucine。系统命名为(2S)-氨基-(3R)-甲基戊酸。是编码氨基酸。有两个手性碳原子，是哺乳动物的必需氨基酸。符号:I，Ile。

甘氨酸：glycine。系统命名为 2-氨基乙酸。是编码氨基酸中没有旋光性的最简单的氨基酸，因具有甜味而得名。符号：G，Gly。

L-组氨酸：histidine。系统命名为(2S)-氨基-3-(4-咪唑基)丙酸。其侧链带有弱碱性的咪唑基，为编码氨基酸。是幼小哺乳动物的必需氨基酸。符号：H，His。

C端羧基：C-terminal carboxyl group。在肽或多肽链中含有游离羧基的氨基酸一端。在表示氨基酸序列时，通常将C端放在肽链的右边。