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N端Fmoc保护，9-芴甲氧羰基（Fmoc）是伯胺和仲胺的保护基团。在固相肽合成（SPPS）中，它是氨基酸主链的常用保护基，因为它可以很容易地用哌啶去除，而不会干扰树脂和肽之间的酸不稳定连接体。

侧链Boc保护的色氨酸；叔丁氧羰基或叔丁氧羰基（Boc）是胺的保护基团。Boc基团可用强酸去除，如用三氟乙酸在二氯甲烷中去除，或用HCl在甲醇中去除。

侧链OtBu保护的天冬氨酸

C端羧基：C-terminal carboxyl group。在肽或多肽链中含有游离羧基的氨基酸一端。在表示氨基酸序列时，通常将C端放在肽链的右边。