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N端氨基：N-terminal amino group。在肽或多肽链中含有游离a-氨基的氨基酸一端。在表示氨基酸序列时，通常将N端放在肽链的左边。

半胱氨酸：cysteine。L-半胱氨酸的系统命名为(2R)-氨基-3-巯基丙酸，是编码氨基酸。符号：C，Cys。D-半胱氨酸存在于萤火虫的萤光素酶中。

L-缬氨酸：valine。系统命名为(2S)-氨基-3-甲基丁酸。是编码氨基酸。是哺乳动物的必需氨基酸。符号：V，Val。在某些放线菌素如缬霉素中存在 D-缬氨酸。

天冬酰胺：asparagine。L-天冬酰胺的系统命名为(2S)-氨基-3-氨酰基丙酸，是编码氨基酸。符号：N，Asn。D-天冬酰胺存在于短杆菌肽A分子中。

甘氨酸：glycine。系统命名为 2-氨基乙酸。是编码氨基酸中没有旋光性的最简单的氨基酸，因具有甜味而得名。符号：G，Gly。

L-丝氨酸：serine。系统命名为(2S)-氨基-3-羟基丙酸。是编码氨基酸。因可从蚕丝中获得而得名。符号：S，Ser。在丝原蛋白及某些抗菌素中含有 D-丝氨酸。

半胱氨酸：cysteine。L-半胱氨酸的系统命名为(2R)-氨基-3-巯基丙酸，是编码氨基酸。符号：C，Cys。D-半胱氨酸存在于萤火虫的萤光素酶中。

L-苯丙氨酸：phenylalanine。系统命名为(2S)-氨基-3-苯基丙酸。是编码氨基酸。是哺乳动物的必需氨基酸。符号：F，Phe。

L-苏氨酸：threonine。系统命名为(2S)-氨基-(3R)-羟基丁酸。有两个手性中心，是编码氨基酸。是哺乳动物的必需氨基酸。符号：T，Thr。

L-缬氨酸：valine。系统命名为(2S)-氨基-3-甲基丁酸。是编码氨基酸。是哺乳动物的必需氨基酸。符号：V，Val。在某些放线菌素如缬霉素中存在 D-缬氨酸。

C端羧基：C-terminal carboxyl group。在肽或多肽链中含有游离羧基的氨基酸一端。在表示氨基酸序列时，通常将C端放在肽链的右边。