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N端氨基：N-terminal amino group。在肽或多肽链中含有游离a-氨基的氨基酸一端。在表示氨基酸序列时，通常将N端放在肽链的左边。

鸟氨酸：ornithine。系统命名为(2S)，5-二氨基戊酸。由精氨酸降解脱去尿素而产生，是鸟氨酸循环的起始物质。不直接参与蛋白质生物合成。符号：Orn。

D型天冬酰胺

D型亮氨酸

D型酪氨酸

半胱氨酸：cysteine。L-半胱氨酸的系统命名为(2R)-氨基-3-巯基丙酸，是编码氨基酸。符号：C，Cys。D-半胱氨酸存在于萤火虫的萤光素酶中。

硒代半胱氨酸：selenocysteine。为半胱氨酸中的硫原子被硒取代后的衍生物，即(2R)-氨基-3-氢硒基-L-丙酸。是近年发现的第21个编码氨基酸。其在信使核糖核酸(mRNA)中的相应密码子为 UGA。符号：U，Sec。

L-丝氨酸：serine。系统命名为(2S)-氨基-3-羟基丙酸。是编码氨基酸。因可从蚕丝中获得而得名。符号：S，Ser。在丝原蛋白及某些抗菌素中含有 D-丝氨酸。

L-脯氨酸：proline。系统命名为吡咯烷-(2S)-羧酸。为亚氨基酸。是编码氨基酸。在肽链中有特殊作用，如易形成顺式的肽键等。符号：P，Pro。

半胱氨酸：cysteine。L-半胱氨酸的系统命名为(2R)-氨基-3-巯基丙酸，是编码氨基酸。符号：C，Cys。D-半胱氨酸存在于萤火虫的萤光素酶中。

D型谷氨酸

D型天冬酰胺

D型苏氨酸

D型谷氨酸

D型精氨酸

半胱氨酸：cysteine。L-半胱氨酸的系统命名为(2R)-氨基-3-巯基丙酸，是编码氨基酸。符号：C，Cys。D-半胱氨酸存在于萤火虫的萤光素酶中。

D型丙氨酸

D型丝氨酸

D型丝氨酸

D型谷氨酸

D型甲硫氨酸

D型联苯丙氨酸

D型亮氨酸

D型酪氨酸

C端羧基：C-terminal carboxyl group。在肽或多肽链中含有游离羧基的氨基酸一端。在表示氨基酸序列时，通常将C端放在肽链的右边。