蛋白质发挥生物学功能主要是通过其结合表面的特定部位与其他小分子或生物大分子的相互结合。通过计算的方法预测蛋白质分子表面可能的结合位点，有利于基于蛋白质结构的计算机辅助药物设计，进而促进新药开发的进程。 根据蛋白质结合的配体不同，可以将蛋白质表面的结合位点分为蛋白质-蛋白质结合位点和蛋白质-配体结合位点。蛋白质结合位点的结构及氨基酸组成与其余表面都有明显的区别，这些区别主要表现在序列的保守性、氨基酸的极性、二级结构的组成以及形成的氢键等方面。这就为使用计算的方法预测蛋白质结合位点提供了可能。
人体内主要产生两大类抗菌肽：defensin家族肽和cathelicidin家族肽。虽然defensin家族肽有很多个成员，但cathelicidin只有1种抗菌肽产物LL-37。LL-37是cathelicidin肽Hcap-18的C末端切割产物，能直接杀死细菌、真菌和病毒。 在对LL-37的研究过程中，科研人员对其序列进行了很多的改造，例如Cys-LL-37、LL-37-Cys、LL-37-NH2、LL-37 Citrulline、Biotin-LL-37、Fam-LL-37以及LL-37的各种片段。
这类肽是一种天然自诱导肽（AIP-III）信号的类似物
看到Amyloid β-Protein，第一反应就是和阿尔茨海默氏病有关，这类研究的相关肽种类已经有接近200种了，包括各种缺失肽，某位置氨基酸被替换的肽段（简称替换肽），局部片段肽，含有Met(O)、Met(O2)等杂质肽，生物素FITC等标记肽，等等。 Amyloid β-Protein的相关序列，我们通常称之为淀粉肽，因为大部分长肽片段的性质比较疏水，在溶液中可能发生聚集沉淀，就像淀粉一样，很难溶解，故称之为淀粉肽。
环肽中，二肽是最小的结构了，由两个氨基酸首尾相连，此时氨基酸互换的话，结构是一样的，例如环二肽cyclo(Pro-Val)的结构 和环二肽 cyclo(Val-Pro)的结构是一样的。 环二肽在药代药动方面的研究还是挺广泛的，常规天然氨基酸的环二肽种类有（20+1）*20/2=210种，而常规天然氨基酸的二肽种类有20*20=400种，还不包括N端的乙酰化，C端的酰胺化，从这个角度来看，环二肽的种类少，研究范围就小了很多。
Acylation of a Support-Bound Amine with an Aryl Isocyanate
SS-31肽是一种心磷脂过氧化物酶抑制剂和线粒体靶向肽。它可以改善左心室和线粒体功能。SS-31肽可减轻人小梁网状细胞中的线粒体功能障碍和氧化损伤。它可以防止iHTM和GTM（3）细胞受到H2O2诱导的持续氧化应激。治疗慢性心力衰竭和线粒体肌病的II期临床试验正在进行中。
c(RGDfK)是一种RGD肿瘤靶向肽，与αvβ3受体结合，是αvβ3整合素受体的高效选择性抑制剂。含环RGD的多肽是整合素的选择性拮抗剂，整合素是在细胞间和细胞-基质相互作用中起重要作用的蛋白质。以适当的标记形式，这些肽可作为诊断成像和某些类型癌症的肽靶向治疗的有用工具。
DBCO（二苯并环辛炔）试剂是用于应变促进的炔叠氮化物环加成（SPAAC）的最具反应性的环炔之一，可实现无铜点击化学。
