大部分肽段的氨基酸序列,都是由L型氨基酸组成,例如20种天然氨基酸。而相对应的D型氨基酸,其实运用也挺广泛的,例如
1、环状RGD肽:c(RGDfK),小写的f代表D型苯丙氨酸。
2、化妆品多肽中的美立肽(九肽-1),其序列为Met-Pro-DPhe-Arg-DTrp-Phe-Lys-Pro-Val-NH2,含有两个D型氨基酸,分别为DPhe和DTrp。
3、一些酶底物如D丙氨酸羧肽酶底物,其序列为Ac-Lys-DAla-DAla,含两个D型Ala。
4、包括前几天介绍的线粒体靶向抗氧化剂SS-31肽,其序列为DArg-Dmt-Lys-Phe-NH2,N端的精氨酸是D型。
5、等等
今天我们主要介绍下D型氨基酸在抗菌肽中的设计--L型和D型相间,表现形式有两种,如LDLD类型或者 DLDL类型。
例如抗菌肽序列RKRWWVVKRKWWV-NH2,
采用L型和D型相间设计之后是RkRwWvVkRkWwV-NH2。
形成稳定的短杆菌肽样螺旋构象,具有环结构的交替的L和D氨基酸的纳米级分子组装体,其堆叠形成中空管。其活性值高于全L型肽段。
具体描述见PDF文献,含有分子动力学模拟软件、静电势分析软件、三维图软件。