说到三氟乙酸，它可是在多肽的合成、纯化和检测过程中，发挥着重要作用。接下来小编将从这三个方面进行讲解，估计你就会明白为什么购买的多肽是三氟乙酸盐了。
多肽的合成阶段
在多肽合成的链增长阶段（缩合与脱保护），没有使用到三氟乙酸，不过通常在最后一步（切割步骤）使用到高浓度的三氟乙酸，以去除所有的侧链保护基团。
这里是第一次使用到了三氟乙酸，我们拿到了粗品里面肯定是含有一定比例三氟乙酸这种物质，后期没有去除的话，那么多肽里面就会含有三氟乙酸。
多肽的纯化阶段
现在比较常规的多肽纯化方法是 高效液相色谱制备方法（HPLC），其效率非常高，并能分离多肽杂质，获取目标结构的多肽。
通常我们在使用HPLC制备多肽时，使用的A、B流动相（也叫有机相、水相）都添加了0.1%三氟乙酸，例如A流动相为0.1%TFA/H2O，B流动相为0.1%TFA/ACN
这里时第二次使用到了三氟乙酸，也是为什么多肽是三氟乙酸盐的直接原因。用HPLC纯化多肽后，我们收集到了目标峰的溶液，其中大部分水，小部分是乙腈（ACN），当然还有0.1%的TFA。
多肽的冻干阶段
我们拿到上述HPLC制备后的多肽溶液，先用液氮或者-80摄氏度冰箱，将溶液的温度降至最低，然后放到冻干机上，最后我们就拿到了蓬松的粉末状固体的多肽啦。这是我们来分析下此时的多肽的主要成分。
从溶液到粉末状固体的过程中，我们去掉了几乎所有的水和乙腈，最终会残留
一些水份（通常在2%以内）、
乙腈（因为乙腈很容易冻干挥发，残留量极少）
三氟乙酸（三氟乙酸分子容易和肽段结构中的碱性基团结合，其比例主要取决于肽段碱性基团的个数和纯化的工艺，是一个未知数，这里是多肽是三氟乙酸的根本原因）
其它未分离开的杂质多肽分子（这个可以通过HPLC纯度来判断）
现在我们来总结下，多肽是用高浓度三氟乙酸切割，去掉保护基团，并用含0.1%三氟乙酸的流动相来纯化，最后冻干还会残留三氟乙酸。所以通常情况下，我们购买的多肽就是三氟乙酸盐的。
一般三氟乙酸盐的多肽不适合做细胞实验，毕竟三氟乙酸分子对细胞是有一定伤害的。不过不用担心，在多肽纯化阶段，我们可以再次纯化多肽，用醋酸或者盐酸 置换掉 三氟乙酸，可以大幅度减少三氟乙酸的残留量。以满足实验需求。
