多肽合成中，经常用到质谱来鉴定目标多肽分子的分子量是否和理论分子量吻合，那么我们怎么分析这个质谱图呢？
例如下面这两种质谱图，一个横版，一个纵版，没什么区别。
我们以第二个为例，图谱中有2个比较高的峰，分别是728.42 （旁边备注了+5H，可以理解为加了5个正电荷的意思）、910.27（旁边备注了+4H，可以理解为加了4个正电荷的意思）
这个峰的数值代表质荷比，用m表示。计算公式为 m=(M+n)/n，
左边的峰：这里的n=5，所以这条肽的分子量M=m*n-5=728.42*5-5=3637.1
右边的峰：这里的n=4，所以这条肽的分子量M=m*n-5=910.27*4-4=3637.08
两者计算出来的分子量 3637.1和3637.08非常接近，也非常接近理论值，由此可基本判断，测的样品分子就是目标分子。
假如图谱中出现不止2个峰，计算方法是一样的，计算出来的数值也都应该和目标分子量接近（误差允许范围内）。当然多肽产品测质谱时，可能分子量会增加23（钠离子），39（钾离子），114（三氟乙酸根），44（携带二氧化碳）等，这是需要减对应的数值，或减去对应数值的整数倍。
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