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在多肽研究中,经常碰到双标记多肽,那么如何画出其二维结构呢
例如一条多肽RGD-RGD,需要左边标记Dabcyl,右边标记Edans,一般是标记在多肽的两端,有以下两种标记方式。
第一种是Edans直接标记与多肽的C端羧基上,书写为 Dabcyl-RGD-RGD-Edans,输入到多肽结构计算器中,得到下面的结构
这种Edans的标记位点,需要液相和固相相结合的合成方法,成本比较高,价格也会高一点。
第二种是在C端加一个谷氨酸Glu,单字母是E,然后Edans标记于E的侧链,书写为 Dabcyl-RGD-RGD-E(Edans),输入到多肽结构计算器中,得到下面的结构
这种Edans的标记位点,仅多肽的固相合成方法,即可,成本较低,价格也比较便宜,且原先多肽C端的羧基还留着,是大部分客户的最终选择。
当然,Dabcyl和Edans也可以在多肽中的任意位置,例如H2N-Arg-Glu(Edans)-Ile-His-Pro-Phe-His-Leu-Val-Ile-His-Thr-Lys(Dabcyl)-Arg-COOH
输入到多肽结构计算器中,得到下图
Dabcyl也可换成 Dansyl,
例如输入
Dansyl-RGD-RGD-Edans
Dansyl-RGD-RGD-E(Edans)
下面是常见的双标记多肽序列:均可输入到多肽结构计算器中,得到结构图。
DABCYL-Gaba-Pro-Gln-Gly-Leu-Glu(Edans)-Ala-Lys-NH2
DABCYL-Lys-Thr-Ser-Ala-Val-Leu-Gln-Ser-Gly-Phe-Arg-Lys-Met-Glu-EDANS
Dansyl-Gly-Leu-Arg-Thr-Gln-Ser-Phe-Ser-EDANS
H2N-Ser-Ser-Arg-Leu-Ala-EDANS
H2N-Ala-Pro-Val-EDANS
H2N-Arg-Glu(Edans)-Ser-Gln-Asn-Tyr-Pro-Ile-Val-Gln-Lys(Dabcyl)-Arg-COOH
DABCYL-Ser-Glu-Val-Asn-Leu-Asp-Ala-Glu-Phe-EDANS
DABCYL-Gaba-Ser-Gln-Asn-Tyr-Pro-Ile-Val-Gln-EDANS
DABCYL-Glu-Arg-Nle-Phe-Leu-Ser-Phe-Pro-EDANS
H2N-Glu(Edans)-Lys-Pro-Ala-Lys-Phe-Phe-Arg-Leu-Lys(Dabcyl)-NH2
DABCYL-Arg-Thr-Ala-Thr-Val-Gln-Gly-Pro-Ser-Leu-Asp-Phe-Ala-EDANS
DABCYL-Arg-Thr-Ala-Thr-Val-Gln-Gly-Pro-Ser-Leu-Asp-Phe-EDANS
H2N-Glu(Edans)-Pro-Leu-Phe-Ala-Glu-Arg-Lys(Dabcyl)-COOH
Ac-Glu-Asp(Edans)-Lys-Pro-Ile-Leu-Phe-Phe-Arg-Leu-Gly-Lys(Dabcyl)-Glu-NH2
DABCYL-Gaba-Pro-Asn-Gly-Leu-Glu-EDANS
DABCYL-Arg-Gly-Val-Val-Asn-Ala-Ser-Ser-Arg-Leu-Ala-EDANS
DABCYL-Thr-Met-Lys-Glu-Met-Gly-Arg-Asn-Glu(Edans)-COOH
H2N-Arg-Glu(Edans)-Ile-His-Pro-Phe-His-Leu-Val-Ile-His-Thr-Lys(Dabcyl)-Arg-COOH
DABCYL-Arg-Thr-Ala-Thr-Val-Gln-Gly-Pro-Ser-Leu-Asp-Phe-Glu-EDANS
DABCYL-Ile-Lys-Thr-Glu-Glu-Ile-Ser-Glu-Val-Asn-Leu-Asp-Ala-Glu-Phe-EDANS
DABCYL-Leu-Ala-Gln-Ala-Val-Arg-Ser-Ser-Ser-Arg-EDANS
DABCYL-Val-Asn-Leu-Asp-Ala-EDANS
DABCYL-Gaba-Ile-His-Pro-Phe-His-Leu-Val-Ile-His-Thr-EDANS
DABCYL-Tyr-Val-Ala-Asp-Ala-Pro-Val-EDANS
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