这种六肽 FRET 底物来源于病毒 gag-pol 多蛋白的 p24/p15 切割位点。已经开发出一种简单、连续的 HIV 蛋白酶荧光测定法，可以筛选潜在的 HIV 蛋白酶抑制剂。Km (2.1 μM) 和 kcat (7.4 s⁻¹) 的值由低酶浓度下的稳态数据计算得出。激发波长为 280 nm，发射波长 > 435 nm。
编号：200060
CAS号：133233-38-2
单字母：Abz-TI-Nle-F(4NO2)-QR-CONH2
| 编号: | 200060 |
| 中文名称: | 蒽基HIV蛋白酶底物、Anthranilyl-HIV Protease Substrate |
| 英文名: | Anthranilyl-HIV Protease Substrate |
| CAS号: | 133233-38-2 |
| 单字母: | Abz-TI-Nle-F(4NO2)-QR-CONH2 |
| 三字母: | Abz N端Abz修饰 -ThrL-苏氨酸：threonine。系统命名为(2S)-氨基-(3R)-羟基丁酸。有两个手性中心，是编码氨基酸。是哺乳动物的必需氨基酸。符号：T，Thr。 -IleL-异亮氨酸：isoleucine。系统命名为(2S)-氨基-(3R)-甲基戊酸。是编码氨基酸。有两个手性碳原子，是哺乳动物的必需氨基酸。符号:I，Ile。 -Nle正亮氨酸 -Phe(4NO2)对硝基苯丙氨酸 -GlnL-谷氨酰胺：glutamine。系统命名为(2S)-氨基-4-氨酰基丁酸，是编码氨基酸。符号：GIn，Q。 -ArgL-精氨酸：arginine。系统命名为(2S)-氨基-5-胍基戊酸。在生理条件下带正电荷，为编码氨基酸。是幼小哺乳动物的必需氨基酸。符号：R，Arg。 -CONH2C端酰胺化 |
| 氨基酸个数: | 6 |
| 分子式: | C43H65N13O11 |
| 平均分子量: | 940.06 |
| 精确分子量: | 939.49 |
| 等电点(PI): | - |
| pH=7.0时的净电荷数: | 1 |
| 平均亲水性: | -0.55 |
| 疏水性值: | 0.4 |
| 消光系数: | - |
| 来源: | 人工化学合成，仅限科学研究使用，不得用于人体。 |
| 储存条件: | 负80℃至负20℃ |
| 标签: | 氨基酸衍生物肽 侧链保护基肽 |
This hexapeptide FRET substrate is derived from the p24/p15 cleavage site of the viral gag-pol poly-protein. A simple, continuous fluorometric assay for HIV protease has been developed, which allows the screening of potential HIV protease inhibitors. Values for Km (2.1 μM) and kcat (7.4 s⁻¹) were calculated from steady-state data at a low concentration of the enzyme. Excitation at 280 nm, emission at > 435 nm.
| DOI | 名称 | |
|---|---|---|
| 10.1021/bi0116543 | HIV-1 protease: characterization of a catalytically competent enzyme-substrate intermediate | 下载 |
| 10.1021/bi011781z | Anisotropic dynamics of the JE-2147-HIV protease complex: drug resistance and thermodynamic binding mode examined in a 1.09 A structure | 下载 |
| 10.1002/cmdc.200500063 | A potent HIV protease inhibitor identified in an epimeric mixture by high-resolution protein crystallography | 下载 |
| 10.1021/jm701142s | Structure-guided design of C2-symmetric HIV-1 protease inhibitors based on a pyrrolidine scaffold | 下载 |
| 10.1021/jm800149m | A copper(I)-catalyzed 1,2,3-triazole azide-alkyne click compound is a potent inhibitor of a multidrug-resistant HIV-1 protease variant | 下载 |
| 10.1002/cmdc.200900452 | Pyrrolidine derivatives as plasmepsin inhibitors: binding mode analysis assisted by molecular dynamics simulations of a highly flexible protein | 下载 |
| 10.1111/j.1399-3011.1990.tb00994.x | A simple, continuous fluorometric assay for HIV protease | 下载 |
| 10.1016/j.jmb.2011.04.052 | Two solutions for the same problem: multiple binding modes of pyrrolidine-based HIV-1 protease inhibitors | 下载 |
| 10.1016/j.jmb.2011.03.038 | Accessory mutations maintain stability in drug-resistant HIV-1 protease | 下载 |
| 10.1021/jm300072d | Potent antiviral HIV-1 protease inhibitor GRL-02031 adapts to the structures of drug resistant mutants with its P1'-pyrrolidinone ring | 下载 |
| 10.1021/jm301519z | Novel P2 tris-tetrahydrofuran group in antiviral compound 1 (GRL-0519) fills the S2 binding pocket of selected mutants of HIV-1 protease | 下载 |
| 10.1002/anie.201309682 | Structure-based design of inhibitors of the aspartic protease endothiapepsin by exploiting dynamic combinatorial chemistry | 下载 |
| 10.1021/cb5009487 | Colloidal aggregation and the in vitro activity of traditional Chinese medicines | 下载 |
| 10.1021/acs.jmedchem.5b00474 | Substituted Bis-THF Protease Inhibitors with Improved Potency against Highly Resistant Mature HIV-1 Protease PR20 | 下载 |
| 10.1073/pnas.90.24.11638 | Catalytic contribution of flap-substrate hydrogen bonds in "HIV-1 protease" explored by chemical synthesis | 下载 |
| 10.1128/jvi.76.3.1359-1368.2002 | Altered substrate specificity of drug-resistant human immunodeficiency virus type 1 protease | 下载 |
| 10.1016/j.jmb.2008.07.062 | Structural and kinetic analysis of pyrrolidine-based inhibitors of the drug-resistant Ile84Val mutant of HIV-1 protease | 下载 |
| 10.1021/bi200033z | The L76V drug resistance mutation decreases the dimer stability and rate of autoprocessing of HIV-1 protease by reducing internal hydrophobic contacts | 下载 |
| 10.1021/jm3001136 | Synthesis and biological activity of potent HIV-1 protease inhibitors based on Phe-Pro dihydroxyethylene isosteres | 下载 |
多肽Abz-Thr-Ile-Nle-Phe(4NO2)-Gln-Arg-NH2的合成步骤：
1、合成MBHA树脂：取若干克MBHA树脂（如初始取代度为0.5mmol/g）和1倍树脂摩尔量的Fmoc-Linker-OH加入到反应器中，加入DMF，搅拌使氨基酸完全溶解。再加入树脂2倍量的DIEPA，搅拌混合均匀。再加入树脂0.95倍量的HBTU，搅拌混合均匀。反应3-4小时后，用DMF洗涤3次。用2倍树脂体积的10%乙酸酐/DMF 进行封端30分钟。然后再用DMF洗涤3次，甲醇洗涤2次，DCM洗涤2次，再用甲醇洗涤2次。真空干燥12小时以上，得到干燥的树脂{Fmoc-Linker-MHBA Resin}，测定取代度。这里测得取代度为 0.3mmol/g。结构如下图：
2、脱Fmoc：取2.84g的上述树脂，用DCM或DMF溶胀20分钟。用DMF洗涤2遍。加3倍树脂体积的20%Pip/DMF溶液，鼓氮气30分钟，然后2倍树脂体积的DMF 洗涤5次。得到 H2N-Linker-MBHA Resin 。（此步骤脱除Fmoc基团，茚三酮检测为蓝色，Pip为哌啶）。结构图如下：
3、缩合：取2.56mmol Fmoc-Arg(Pbf)-OH 氨基酸，加入到上述树脂里，加适当DMF溶解氨基酸，再依次加入5.11mmol DIPEA，2.43mmol HBTU。反应30分钟后，取小样洗涤，茚三酮检测为无色。用2倍树脂体积的DMF 洗涤3次树脂。（洗涤树脂，去掉残留溶剂，为下一步反应做准备）。得到Fmoc-Arg(Pbf)-Linker-MBHA Resin。氨基酸：DIPEA：HBTU：树脂=3：6：2.85：1（摩尔比）。结构图如下：
4、依次循环步骤二、步骤三，依次得到
H2N-Arg(Pbf)-Linker-MBHA Resin
Fmoc-Gln(Trt)-Arg(Pbf)-Linker-MBHA Resin
H2N-Gln(Trt)-Arg(Pbf)-Linker-MBHA Resin
Fmoc-Phe(4NO2)-Gln(Trt)-Arg(Pbf)-Linker-MBHA Resin
H2N-Phe(4NO2)-Gln(Trt)-Arg(Pbf)-Linker-MBHA Resin
Fmoc-Nle-Phe(4NO2)-Gln(Trt)-Arg(Pbf)-Linker-MBHA Resin
H2N-Nle-Phe(4NO2)-Gln(Trt)-Arg(Pbf)-Linker-MBHA Resin
Fmoc-Ile-Nle-Phe(4NO2)-Gln(Trt)-Arg(Pbf)-Linker-MBHA Resin
H2N-Ile-Nle-Phe(4NO2)-Gln(Trt)-Arg(Pbf)-Linker-MBHA Resin
Fmoc-Thr(tBu)-Ile-Nle-Phe(4NO2)-Gln(Trt)-Arg(Pbf)-Linker-MBHA Resin
以上中间结构，均可在专肽生物多肽计算器-多肽结构计算器中，一键画出。
最后再经过步骤二得到 H2N-Thr(tBu)-Ile-Nle-Phe(4NO2)-Gln(Trt)-Arg(Pbf)-Linker-MBHA Resin，结构如下：
5、邻氨基苯甲酸反应连接：在上述树脂中，加入适当DMF后，再加入2.56mmol 邻氨基苯甲酸到树脂中，再加入5.11mmol DIPEA、2.43mmol HBTU，鼓氮气反应30分钟。用2倍树脂体积的DMF 洗涤3次树脂（洗涤树脂，去掉残留溶剂，为下一步反应做准备）。 得到Abz-Thr(tBu)-Ile-Nle-Phe(4NO2)-Gln(Trt)-Arg(Pbf)-Linker-MBHAResin。 结构如下：
5、切割：6倍树脂体积的切割液（或每1g树脂加8ml左右的切割液），摇床摇晃 2小时，过滤掉树脂，用冰无水乙醚沉淀滤液，并用冰无水乙醚洗涤沉淀物3次，最后将沉淀物放真空干燥釜中，常温干燥24小试，得到粗品Abz-Thr-Ile-Nle-Phe(4NO2)-Gln-Arg-NH2。结构图见产品结构图。
切割液选择：1）TFA：H2O=95%：5%、TFA：H2O=97.5%：2.5%
2）TFA：H2O：TIS=95%：2.5%：2.5%
3）三氟乙酸：茴香硫醚：1，2-乙二硫醇：苯酚：水=87.5%：5%：2.5%：2.5%：2.5%
（前两种适合没有容易氧化的氨基酸，例如Trp、Cys、Met。第三种适合几乎所有的序列。）
6、纯化冻干：使用液相色谱纯化，收集目标峰液体，进行冻干，获得蓬松的粉末状固体多肽。不过这时要取小样复测下纯度 是否目标纯度。
7、最后总结：
杭州专肽生物技术有限公司（ALLPEPTIDE https://www.allpeptide.com）主营定制多肽合成业务，提供各类长肽，短肽，环肽，提供各类修饰肽，如：荧光标记修饰（CY3、CY5、CY5.5、CY7、FAM、FITC、Rhodamine B、TAMRA等），功能基团修饰肽（叠氮、炔基、DBCO、DOTA、NOTA等），同位素标记肽（N15、C13），订书肽（Stapled Peptide）,脂肪酸修饰肽（Pal、Myr、Ste），磷酸化修饰肽（P-Ser、P-Thr、P-Tyr），环肽（酰胺键环肽、一对或者多对二硫键环），生物素标记肽，PEG修饰肽，甲基化修饰肽
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