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N端Fmoc保护，9-芴甲氧羰基（Fmoc）是伯胺和仲胺的保护基团。在固相肽合成（SPPS）中，它是氨基酸主链的常用保护基，因为它可以很容易地用哌啶去除，而不会干扰树脂和肽之间的酸不稳定连接体。

Cys侧链Mmt保护，4-甲氧基三苯甲基（Mmt）是一种主要用于半胱氨酸和赖氨酸侧链的保护基团。在温和的酸性条件（如1%三氟乙酸、乙酸）下，Mmt可以被去除。

C端羧基：C-terminal carboxyl group。在肽或多肽链中含有游离羧基的氨基酸一端。在表示氨基酸序列时，通常将C端放在肽链的右边。