近日,华南理工大学生物科学与工程学院林影、梁书利团队在毕赤酵母基因编辑方面取得新进展,相关成果在ACS Synthetic Biology期刊上发表了题为“A Novel and Efficient Genome Editing Tool Assisted by CRISPR-Cas12a/Cpf1 for Pichia pastoris”的封面论文,博士研究生张新颖为论文第一作者。 (论文链接:https://doi.org/10.1021/acssynbio.1c00172)
毕赤酵母具有高表达、强分泌、高密度以及适宜的翻译后修饰等优点,已广泛用于外源蛋白的高效分泌表达。随着基因组信息的解析及代谢模型的建立,它作为底盘细胞在生产高附加值化学品和药品方面具有较大潜力。有效的合成生物学工具对于拓展毕赤酵母的工业应用至关重要。然而,至今仍然缺乏高效的基因编辑工具,大大限制了其代谢网络调控及合成生物学工程化平台的构建。
该研究在毕赤酵母中建立了一种由CRISPR-Cpf1介导的新的高效基因组编辑方法。对相关元件进行系统优化后,该系统基因编辑效率达到:单基因编辑(99±0.8%)、双基因编辑(65±2.5%至80±3%)、三基因编辑(30±2.5%)。
图1:优化CRISPR-Cpf1系统进行ADE2的基因编辑
同时,利用该方法在毕赤酵母中首次实现了DNA大片段的删除(20Kb),为毕赤酵母底盘基因组精简提供基础工具。此外,该系统实现了番茄红素合成途径三个基因的一次性快速导入。
图2:利用CRISPR-Cpf1进行大片段敲除
图3:通过CRISPR-Cpf1系统一次性快速导入番茄红素合成途径
本研究不仅为毕赤酵母(Pichia pastoris)提供了新的一个简单、高效的基因编辑工具,并将加速毕赤酵母代谢工程及基因组进化等相关领域的研究。
研究得到国家重点研发项目(2018YFA0901700)和广东省重点区域研发项目(2019B020210003)的资助。
论文封面图片
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